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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  48 lines
  1. *********************************
  2. * Ly-6 / u-PAR domain signature *
  3. *********************************
  4.  
  5. A variety of GPI-linked cell-surface glycoprotein are composed  of one or more
  6. copies of a conserved domain  of  about  100 amino acid residues [1,2].  These
  7. proteins are:
  8.  
  9.  - Urokinase  plasminogen  activator  surface  receptor  u-PAR, which binds to
  10.    u-PA and is responsible for its proteolysis-independent signal transduction
  11.    activation effects.
  12.  - The mouse family of Ly-6 T-cell antigens (Ly-6A, -6C, -6E, -6F and -6G).
  13.  - CD59  (MACIF  or  MIRL),  an  inhibitor  of  the complement membrane attack
  14.    complex action.
  15.  - Herpesvirus saimiri CD59-related protein (gene 15).
  16.  - Mouse thymocyte B cell antigen (ThB).
  17.  - Squid glycoprotein Sgp-2.
  18.  
  19. U-PAR contains three tandem copies of the domain,  all  the other proteins are
  20. made up of a single domain.
  21.  
  22. As shown in the following schematic this conserved domain contains 10 cysteine
  23. residues involved  in  five  disulfide  bonds (in u-PAR, the first copy of the
  24. domain lacks the fourth disulfide bond).
  25.  
  26.      +------+     +------------------------+                    +---+
  27.      |      |     |                        |                    |   |
  28.  xCxxCxxxxxxCxxxxxCxxxxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxxxCxxxxxxxxxxxxxxCCxxxCxxxxxxxx
  29.   |                     |                       |              |
  30.   +---------------------+                       +--------------+
  31.  
  32. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  33.  
  34. The signature  pattern  that  detect this domain start at the extremity of the
  35. domain and ends at the sixth cysteine.
  36.  
  37. -Consensus pattern: [EQR]-C-[LIVMFYAH]-x-C-x(5,8)-C-x(3,8)-[EDNQSTV]-C-{C}-
  38.                     x(5)-C-x(12,24)-C
  39.                     [The six C's are involved in disulfide bonds]
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42. -Last update: June 1994 / First entry.
  43.  
  44. [ 1] Behrendt N., Ploug M., Patthy L., Houen G., Blasi F., Dano K.
  45.      J. Biol. Chem. 266:7842-7847(1991).
  46. [ 2] Ploug M., Kjalke M., Ronne E., Weidle U., Hoyer-Hansen G., Dano K.
  47.      J. Biol. Chem. 268:17539-17546(1993).
  48.